平安時代を迎え高野山浄土信仰が広まりとともに、藤原摂関家や皇族の参詣が活発となり、康治２年（1143）12月13日普賢院の本堂が創建されました。しかし、その後間もない久安5年（1149）、山内の火災により焼失しましたが、五智房融源により再建されました。
鎌倉時代になると高野山には、幕府の関係者によって多くの寺院が建立されましたが、室町時代になり様々な争いや出火により多くの子院が焼失しました。桃山時代になると豊臣秀吉により亡母の菩提を弔う青巌寺が建立され、室町時代の火災により焼失していた伽藍諸堂の再建や修復を行われました。その頃天正年間（1573～1592）、尼子の遺臣である山中鹿之助幸盛が普賢院に潜居したことがあります。
江戸時代には諸大名がこぞって子院と宿壇宿坊関係を結び子院の維持に援助を行い高野山は約2000ヶ寺が甍を並べる一大宗教都市となりました。残念ながら江戸時代も引続く火災や争いに加え幕府による取り壊しなどもあり、江戸時代の末期には子院は436軒にまで激減したのです。元禄３年の（1670）火災により、普賢院の古文書や仏具などが灰燼に帰し、寛永以前の資料が不明となりました。

明治維新を迎え、新しい体制への大変革という大きな波が高野山に押し寄せ、寺領返還などで経済的な基盤を失う中、明治21年（1888）、五の室谷大火により普賢院の本堂が焼失しました。この火災は3日間燃え続け、山の３分の２、子院77ヶ寺、民家70余戸が灰燼に帰しました。その結果、廃仏毀釈の流れとともに消失を免れた359ヶ寺の子院は130ヶ寺まで統廃合されました。
何とか寺蹟を残すため自寺の宝物を再興できる寺に譲る廃寺も多くあり、この普賢院にも高野山東照宮の拝殿と裏門（現在の四脚門）が移築され、今もなお寺院の大切な堂宇として多くの参詣の人々を集めております。