明治21年、五の室谷大火後に高野山東照宮拝殿を移築して再建された本堂。堂内には真理を究めて悟りを求めようとする心・菩堤心の象徴とされる普賢菩薩が祀られています。
また、本尊左手位牌堂には阿弥陀如来が、右手護摩堂には不動明王が祀られています。毎日早朝には、僧侶が位牌堂の前に勢ぞろいし、お泊りの方とともにお勤めの読経を行います。

開創千二百年を迎えるに当り普賢院記念事業として本堂大改修を発願いたしました。
本尊左手位牌堂には阿弥陀如来が、右手護摩堂には不動明王が祀られています。
毎日早朝には、僧侶が位牌堂の前に勢ぞろいし、お泊りの方とともにお勤めの読経を行います。

當院本堂内阿弥陀堂、護摩堂の天井には各々「種字曼荼羅」「鵬雲」が描かれ堂内を荘厳いたしております。
開創1200年を機に再現再興された種字曼荼羅天井絵は、高野霊木紙を使い、仏舎利請来以来親交を続けておりますネパール国の現地密教僧院にて描画彩色が行われました。

堂宇への入り口である大玄関。玄関脇には寺務所が設けられ、回向を初め法要、諸祈願のお申込みの受付場所となります。
寺務所には執事を初め常に若い僧侶がおり、境内や堂宇のご案内、手続きのお手伝いを致します。当院お参りの折りはお気軽に寺務所にお声かけください。思わぬ楽しい話を聞けたり、耳寄りな情報を得たりすることができるかもしれません。

鐘楼としては、山内の六時の鐘が知られていますが、普賢院のように鐘楼をかねた山内では他に例を見ません。
建立の詳細は不明ですが、山門の扉にほどこされた凝った彫刻は、お参りに訪れる参拝の方の目を楽しませます。大晦日には一般の方が撞く除夜の鐘の音が境内に響きます。

別名「赤門」とも呼ばれ親しまれている四脚門は、装飾性の強い意匠と巧みな手法に特色を持つ、平唐門様式の門です。
江戸時代初期の造型を非常によくあらわしており、
軸部には丹塗り(にぬり)、変え蓑股(かえるまた)・木鼻などの彫刻には極彩色が施されています。
昭和40年には国の重要文化財に指定されました。

摩尼殿は平成11 年(1999 年)、仏舎利請来を機に建立されました。
金剛薩埵・四明妃金剛が安置されております。
地下には仏舎利をお祀りした光明心殿があります。

光明心殿（摩尼殿地下）の中央にはネパールより請来された仏舎利が祀られています。内の回廊には摩尼車内の回廊には摩尼車が設けられ、摩尼車を回すと回した数の経を唱えたことになり功徳が得られるとされています。
また、回廊内にはブッダガヤなど仏教八大聖地のお砂が埋められ、回廊を一周することで八大仏跡巡礼お砂踏みを体験する事ができます。